Η ομάδα του Ατρομήτου προσπαθεί να κινηθεί σε ευρωπαϊκά πρότυπα έχοντας δύο πολύ υπερσύγχρονα προπονητικά κέντρα. Αρχικά το Atromitos Athletic Center στο Μαζαράκη αποτελεί ένα εξαιρετικό κέντρο αποκατάστασης αλλά και θεραπείας για την ομάδα περιλαμβάνοντας σπα, γυμναστήριο, γραφεία, αποδυτήρια, δωμάτια, εστιατόριο, καθώς και βοηθητικό γήπεδο.
Την ίδια ώρα, οι «Περιστεριώτες» διαθέτουν άλλο ένα προπονητικό κέντρο το οποίο βρίσκεται στον Ασπρόπυργο. Τον τελευταίο καιρό τα στελέχη της ομάδας φρόντισαν να ανακαινιστεί, με τις εγκαταστάσεις να περιλαμβάνουν καινούργιο χλοοτάπητα, νέο φυσιοθεραπευτήριο, και ο χώρος των αποδυτηρίων να ανακαινίζεται.